Satoshi, Pikachu ve arkadaşları, yaşlı su başkenti Altomare'nin kanallarında ve geçitlerinde saklanan bir çift hırsızı durdurmaya çalışıyorlar. Maceraya katılmak, gizemli bir güce sahip paha biçilmez bir hazine olan Soul Dew'ın barış gücü ve koruyucusu olarak hizmet eden Latias ve Latios adında bir çift kardeş olan iki yeni efsanevi Pokémon'dur.