Paddington, şu anda Emekli Ayılar Evi'nde ikamet eden sevgili teyzesi Lucy'yi ziyaret etmek için Peru'ya seyahat eder. Brown Ailesi'nin de katılımıyla, bir gizem onları Amazon yağmur ormanları boyunca ve Peru'nun dağ zirvelerine doğru beklenmedik bir yolculuğa sürüklediğinde heyecan verici bir macera başlar.