2048 yılında insan ırkı, Godzilla ve diğer dev canavarlara karşı onlarca yıl kaybettikten sonra Dünya'yı terk etmek zorunda kaldı. Tau Ceti-e adlı başka bir gezegene yirmi yıllık bir yolculuğa çıkarlar, ancak vardıklarında gezegenin yaşanmaz hale geldiğini keşfederler. Gemilerindeki yaşam koşulları kötüleşirken, Haruo adlı genç bir adam Dünya'ya dönüp onu canavarlardan geri almak için bir harekete öncülük eder. Gemi geri dönüş yolculuğunu başarılı bir şekilde gerçekleştiriyor, ancak mürettebat, Yirmi bin yılın geçtiğini ve Dünya'nın ekosisteminin Godzilla'nın etrafında toplandığını fark ediyor.